No son siempre los índices, aunque ayudan...
Supongamos que tienes una aplicación que consulta todos los datos de una tabla grande, por ejemplo para rellenar un cuadro combinado o una lista, eso hace que esa aplicación pida datos al servidor de forma constante hasta que llena de datos ese control, o que tengas formularios que hacen lo mismo, o varios cuadros combinados en un formulario, todo eso hace que el servidor se ponga a obtener datos como loco, suele ir por ahí.
Si lo que te pasa es, que sin ninguna aplicación aplicación abierta ni nada, el servidor ya está con toda la CPU consumida, entonces es que el servidor se te ha quedado pequeño para lo que tienes en él instalado.
No se me ocurre mucho más que contarte que te pueda ayudar.
Un saludo
