Enviame el código, lo probaré yo.
Aqui tienes el mio:
<html>
<head>
<script>
var nuevaventana
function CerrarPopup() {
if (nuevaventana){
nuevaventana.close();
}
}
</script>
</head>
<body onload='CerrarPopup();'>
Una vez hayas abierto el popup. Actualiza la pagina principal y
el resultado que se espera es cerrar el popup automaticamente.
Tener en cuenta que no siempre el popup estará abierto.
<a href='#' onclick="nuevaventana=window.open('','_new',''); return false;"> abrir popup </a>
</body>
</html>