Hola Amigo 
Jajaja, yo tambien tuve ese dolor de cabeza al principio pero me puse a ver bien como funcionaba el lio ese y ya descubri como funciona 
1- Entra con tu Cuenta "
Espero que seas el Admin "
2- Crea la base de datos la cual el usuario manejara
3- Entra a Privilegios
4- Agregar nuevo usuario
5- Rellenas "
Información acerca del login "
6- No toques los permisos. Dale a Continue
7- Vete de nuevo a privilegios y vas a encontrar el nuevo usuario creado por ti. Dale a Editar
8- Busca donde dice "
Privilegios específicos para la base de datos "
9- Busca donde dice "
Añada privilegios en esta base de datos "
10- Selecciona la base de datos que quieres que ese usuario vea y Maneje
11- Selecciona los privilegios que quieres que tenga ese usuario en esa base de datos.
12- Despues le das a Continue.
13- Ahora sal del Explorador y entra a tu
phpMyAdmin
14- Como vas a tener configurado a PhpMyAdmin para varios Usuarios te va a pedir:
Usuario y Contraseña.
15- Entras y listo.
Nota: Si le das todos los privilegios el solo podra andra en su base no te preocupes nunca va a poder ver las demas.
Espero que te ayude mi respuesta.
Atentamente Adrian Lopez Torres