Supongo que tu problema reside en que tienes configurada la BD para no distinga mayúsculas de minúsculas (mysql esta por defecto así). De forma que cuando haces:
SELECT *
FROM tabla
WHERE nombre='PEPE'
si hay un pepe te devuelve una fila...
Tienes dos opciones, recoger los datos de la BD y comprobar la igualdad desde JAVA tal y como dice goncafa. O cambiar las ocpiones de la BD.
Suerte,
un saludo
kripton