en el archivo html:
<param name="wmode" value="transparent">
lo anterior lo debes poner entre las etiquetas <object>...</object> de la pelicula flash , por ejemplo:
<OBJECT classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000"
codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,0,0"
WIDTH="137" HEIGHT="255" id="contenido" ALIGN="">
<PARAM NAME=movie VALUE="contenido.swf"> <PARAM NAME=quality VALUE=high> <PARAM NAME=bgcolor VALUE=#000000>
<param name="wmode" value="transparent">
<EMBED src="contenido.swf" quality=high bgcolor=#000000 WIDTH="137" HEIGHT="255" NAME="contenido" ALIGN=""
TYPE="application/x-shockwave-flash" PLUGINSPAGE="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer"></EMBED>
</OBJECT>