Hola, yo hice algo parecido hace unos meses, tuve que crear la estructura de la base de datos en el mysql usando phpmyadmin y en access, exporte las tablas a archivos .txt, y por el phpmyadmin las subia a mis tablas.
hay unos programas que te ahorran eso, yo me di cuenta despues, el que uso ahora es el EMS MySQL Import, es una familia de productos muy buena la pagina es
www.ems-hitech.com