Bueno, tu a tu PHP si no le indicas de que manera quieres compilarlo te lo compila por defecto como CGI, yo la verdad que nunca he probado a ponerlo como CGI y CLI a la vez, por que creo que es mas idoneo hacerlo de diferentes maneras, es decir primero compilo cde una manera y lo meto donde yo quiero con un --prefix=/php-cli y luego de otra --prefix=/php-cgi y asi tengo cada uno donde yo quiero, nose que sistema usaras, yo por ejemplo uso RedHat y tengo las librerias de GD instaladas (si usas RedHat haz como root ldconfig -v, y mira si tienes la libreria GD libgd) y si la tienes tan solo tienes que hacer --with-gd y listo
