Si se acaba la pila arrancas con la configuración por default (como si tu tarjeta fuera nueva) si hay algun parametro configurable desde bios que pudiera ser potencialmente problematico lo mas seguro es que dara problemas.
Aunque si ya tenia tiempo sin bateria y no habias tenido problemas dudo que ese sea el caso.
¿Has destapado tu maquina para que veas si el ventilador trabaja bien?
Puede ser tambien un problema de memoria, baja
www.memtest86.com y revisala, quiza por ahi vaya el problema.