Boinas...
cómo abres las popup desde las popup, vuelves a copiar el script en cada documento que se abre en la popup?
Si es así te sugiero que mejor le pidas lo siguiente a las popups que abren popups
(esto en las popups pa abrir las nietas)
onclick="opener.abreVentana('tuPagina.html');retur n false"
prueba a ver si así te funciona (yo creo que sí)