Linit,
no me has entendido,
o utilizas el autoincremento o el "SELECT MAX" + 1, pero no ambos.
Veo que te decides por el autoincremento, nunca habrá duplicados,
si tienes 1,2,3 y borras 2,3 el siguiente que insertes será el 4.
Si no es esto lo que necesitas, escribe...
Saludos