PHP en windows o Linux .. no se "actualiza" se instala completamente denuevo. Puedes "chafar" (sobreescribir) lo antiguo pero .. sería recomendable partir de una instalación "limpia" desinstalando lo que tengas de PHP hasta el momento.
Si tienes dudas sobre instalar o desinstalar aplicaciones en entorno Linux .. visita el foro adecuado.
Yo sólo te puedo recomendar la documentación oficial de PHP y comentarte que para Linux (depende de la distribución que uses) tienes unos paquetes "instaladores" tipo RPM (Red Had) o similares.
http://www.php.net/manual/en/install.linux.php
Un saludo,