El archivo está en /home/<tu>/.xinitrc (supongo que se te habrá escapado, pero por las dudas :).
De todas formas, si lo que querés es arrancar fluxbox cuando entrés a X tenés que modificar el archivo .xsession, que es el correcto para ocuparse de esto.
Te dejo mi .xsession de fluxbox para que le eches un ojo (Idesk es un programa que pone íconos en el escritorio).
Código:
# Un sleep para que el xsetbg no nos pinte los iconos
(sleep 3; idesk &) &
# Iniciamos Xscreensaver
xscreensaver -no-splash &
# Mandamos el gaim (total lo uso siempre xD)
(sleep 2; gaim &) &
# Monitor del sistema
(sleep 2; gkrellm &) &
# Para monitorear el server
(sleep 2; gkrellm -s pastrami &)&
# Hotkeys (para teclas multimedia)
hotkeys -Z
# Venga fluxbox
exec fluxbox
exit $?
Saludos ;)