Lo que tienes que hacer es cambiar el interprete por defecto del script. Por ejemplo, si para un script en bash pones "#!/bin/bash" al principio del archivo, para un script en php pones "#!/usr/bin/php -q" (la opcion -q evita que ponga headers HTTP). La ubicación del intérprete, claro está, puede variar. Solo asegúrate que tengas instalada la version CGI del PHP.
También deberías hacerlo ejecutable (chmod a+x <archivo>).
Saludos ;)