No pierde nada de calidad, pq lo único que haces es separar el audio del video, no lo modificas.
Lo del error a veces pasa, no se por que pero puedes volver a intentarlo con la versión Plus del TMPGEnc, buscala en
www.pegasys-inc.com (es una demo)
Supongo que existirán otros programas, a ver si alguien más se anima a dar algún nombre