Hola, linkses y tunait.
A ver si es esto lo que quieres: en tu página tienes un cuadro de texto
<input type="text" id="pru"/>
Y en el pop-up tienes, por ejemplo, un botón:
Código:
<input type="button" onclick="opener.document.getElementById('pru').value='lo que sea'"/>
Espero que te sirva. Saludos,