Hola,
La unica forma es especificar la ruta absoluta al fichero. Puedes obtener la ruta absoluta al directorio raiz del sitio con $_SERVER['DOCUMENT_ROOT']. Asi que si quieres incluir /descargas/includes/mysql.php, tendrias que hacer algo como:
Código PHP:
$fichero=$_SERVER['DOCUMENT_ROOT'].'/descargas/includes/mysql.php';
include($fichero);
Asi, estes donde estes, incluira /descargas/includes/mysql.php
Suerte.