Si dices que conoces ya algo de SQL y modelo de datos para tus aplicaciones .. Lo ideal es que visites el manual oficial de Mysql donde verás todo el lenguaje SQL particular que usa Msyql (que no es 100% standard)
Web oficial de Mysql:
www.mysql.com
Tambien tienes información sobre Msyql en castellano en:
www.mysql-hispano.com
Y Sobre trabajar con PHP+Mysql .. puedes empezar por los manuales que se describen en las FAQ's de este foro (uno de los primeros mensajes).
Y no te olvides de la documentación oficial de PHP sobre las funciones de Mysql (que traen ejemplos de uso):
www.php.net/mysql
Las Base de datos/tablas y gestión en sí de Mysql puedes ayudarte de algùn GUI para Mysql como por ejemplo:
phpMyadmin
Tienes una guia de instalación y configuración en uno de los capitulos de:
http://www.maestrosdelweb.com/editorial/phpmysqlap/
(escrito en PHP y uno de los más famosos)
Tambien tienes GUI (Graphical User Interface) para Windows algo más "visuales" que phpMyadmin .. ejemplos:
Gratuito:
http://www.mysqlfront.de/
De pago:
http://www.mysqlstudio.com http://www.mysqlmanager.com
Con estos GUI .. puedes crear tu BD de forma cómoda .. definiendo los campos y propiedades de estos .. tabla y BD. Pero, estas definiciones y forma de trabajar de Mysql la describe el manual oficial de Mysql ("no en los GUI's") .. así que de una forma u otro debes acudir a dicho manual para leer cosas acerca de los tipos de datos que soporta Mysql .. cuales son, que propiedades tienen. Campos autonuméricos, key (clave) .. etc.
Un saludo,