Hola,
Eso es porque estas incluyendo el codigo HTML generado por esos script que incluyes. Imagino que estaras haciendo algo como:
Código PHP:
include("http://tudominio.com/dir/fichero.php");
Cuando lo que deberias hacer es:
Código PHP:
include("dir/fichero.php");
Aunque claro, sin saber tu codigo, no se exactamente lo que falla. Eso si, salen los popups porque si te fijas en el codigo HTML generado ("Ver->Codigo Fuente" en tu navegador) veras numerosas etiquetas de apertura y cierre de HTML (<html> y </html>).
Suerte.