Si tu servidor soporta PHP+MySQL puedes usar PPhlogger:
http://phpee.com/
Es gratis y te da estadísticas muy completas, y además visitantes activos, contador de descargas, etc. Y si no lo soporta o no quieres gastar recursos puedes abrir una cuenta gratuita y usarlo de forma remota.
Tienes más detalles en el apartado 'Estadísticas muy completas, y gratuitas...' en:
http://www.recursosvoip.com/webmasters/index.php