El problema es que seguramente has instalado Lilo/grub en donde no debías. Sabías que puedes instalarlo en la MBR del disco rígido *y* en el sector de booteo de cada partición?
Lee esto sobre linux+windows, seguramente te aclarará algunas cosas:
http://www.jalug.org/learning/bootse...inxplinux/view
Saludos ;)