Buenas, lo primero de todo .... añadir alo que dijo gerar ... que existen a parte de CGI, CLI o modulo de apache otro tipo de SAPI para otros webservers o bien para hacer aplicaciones embebidas en PHP y poder ser compiladas.
Lo segundo corregirte Cluster, pocas veces te equivocas jeje pero esta vez si lo has hecho

, lo primero de todo, decirte que PHP-GTK (la extension) no esta programada en OOP, es puro C y archivos de textos planos jejej los .overrides y los .defs (archivos que contienen los metodos del objeto y su código (normalmente en C)). Otra cosa es en lo que se basa la programacion de aplicaciones PHP-GTK, la extension PHP-GTK lo que hace es habilitar ciertos objetos con los que podemos construir aplicaciones GUI (Graphical User Interfaces) y para ello cuenta con una diversa cantidad de objetos y sus respectivos metodos (lo cual no quiere decir que sea necesario programar en OOP para construir una aplicacion en PHP-GTK).
Por ultimo (o eso creo) ... no es necesario tener PHP compilado como CLI para hacer uso de el desde la linea de comandos, lo que es INDISPENSALBE es que este como minimo compilado como CGI (como binario) bien puede ser como FAST-CGI o simplemente como CGI, por lo cual podras realizar tu script sin ningun problema, realizando consultas a la base de datos y enviando mails

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Un saludete!