Te doy un tip, abres el Nautilus, en la barra de dirección aparece "/home/t
suario/", entonces lo que haces es seleccionar el texto con el mouse y escribes "/mnt/win_c" (tengo dos particiones y la de windows la tiene como win_c) y se va directo a esa partición y no se detiene a leer el cd-rom o el floppy.
Cuando estas en una terminal pones:
$ cd mnt, $ cd win_c e igual accedes sin problemas, lo más seguro es que antes de entrar en la partición del win98 estabas leyendo desde el floppy o de un cd-rom, por eso es que cuando entras a "/mnt" busca leer la(s) unidad(es) en uso por si se quiere acceder a su información.
Espero haberte explicado más o menos como pasa esto, saludos!