Lo própio sería usar un ".js" llamado desde HTML con su sentencia particular:
<script language="JavaScript" src="funciones_javacript.js"></script>
Por lo menos para tus funciones javascript que usas. (va en el <head></head> y en tu "funciones_javascript.js NO debes usar otra vez <script languaje=javascript .. etc.. Sólo las funciones javascript. Si tienes dudas con esto pregunta en el foro de Javascript.
Y si quisieras hacer lo mismo bajo un include() de PHP .. En PHP existe la sintax denominada "Here DOC" que te permite hacer cosas como:
Código PHP:
echo <<<HTML
tu código HTMl/javascript y llamadas a $variables PHP sin tener que escapar comillas dobles . o pasarlasa simples.
HTML;
Un saludo,