http://lucas.linux.cl/htmls/manuales.html, ahí está el libro "Seguridad en Unix". Si, es largo... pero vale la pena.
Además, no olvidar:
- Actualizaciones religiosamente al día (apt puede ser de mucha utilidad para eso).
- Usa los programas que trae tu distro. Así te aseguras de tener siempre las actualizaciones necesarias para tu sistema, y te evitas el tener que andar buscando tú mismo los parches de seguridad.
- Bloquear con iptables TODO... y luego permitir lo necesario. Esta política es más segura que "permito todo y luego bloqueo lo que sea peligroso".
- NO USES FTP. Es muy peligroso. Mejor usa sftp.
Eso por el momento. Si se me ocurre otra cosa, ya lo postearé por aquí
