Podrías poner el formulario que usas .. los datos que envias y como los procesas .. pero en principio lo que deberías usar son funciones como:
addslashes() / stripslashes() (si usas magic_quote_gpc a ON que es como viene PHP por defecto .. sólo debes usar stripslashes() ...
y/o
urlencode() / urldecode() (para pasar datos por URL en método GET codificando el URL)
mas info:
www.php.net/manual/en
Un saludo,