No estoy seguro de a que se deba tu problema, pero lo más probable es que debas de cambiar los permisos del archivo CGI. El modo más común para CGI's es 755. Esto es que permite lectura, escritura y ejecución a tí mismo (o a otros CGI's de tu servidor), y lectura y ejecución al resto del mundo. Por medio de telnet puedes cambiar los permisos con CHMOD <archivo> 755.
Si no tienes acceso por Telnet, baja el programa CuteFTP, un programa de FTP muy completo en el que puedes cambiar los permisos en <a href='ir.asp?http://www.cuteftp.com' target='_blank'>http://www.cuteftp.com...</a>