Jejeje, siempre ha sido bueno limpiarle la sangre a windows de ves en cuando.
Para deshacerte de tus particiones lo puedes hacer desde el instalador de windows 2k/XP, o tambien desde un disco de emergencia de windows98 (es lo que yo uso, bajalo de
www.bootdisk.com)
Ten en cuenta de que si tienes particiones NTFS no las podras leer/escribir en modo DOS, por lo que si quieres hacer respaldo hazlo desde antes.
Por ultimo te recomiendo que primero instales windows y despues el Linux, asi no tendras problemas con el bootloader.