O sea que todo el código que pusiste antes.. se puede hacer así:
Código PHP:
for($i=2;$i<=4;$i++){
$sql="SELECT id_prueba_1, COUNT(*) FROM prueba_".$i." GROUP BY id_prueba_1";
$result=mysql_query($sql);
}
En cada pasada tendrás disponible una tabla con la siguiente estructura:
tabla_2
id_prueba_1---COUNT
1 --- 5
2 --- 3
O sea te da el resultado de cuántas veces se repite cada id_prueba_1 en la tabla.
Espero que se haya entendido:
Saludos