Albertron: Claro que se puede. Sólo que la integridad referencial de MySQL no es de las mejores... Lo que no se puede (creo) es hacer subconsultas.. pero podrías utilizar el JOIN para relacionar las tablas. Utiliza el buscador del manual:
http://www.mysql.com
Sobre el manejo de checkbox hay un ejemplo muy bueno en las FAQ's de este foro. Te puede dar una buena referencia.
http://www.forosdelweb.com/showthrea...710#post518710
Saludos