Hola, KillerBKS.
Pon la función así:
Código PHP:
function desabilitar_cert(obj,c)
{
name="";
for (i=0;i<c;i++)
{
name="certamen"+i;
eval('document.forms[0].'+name+'.disabled = obj.checked');
}
}
Y la llamas de esta forma:
Código PHP:
<input name="uni_cert" type="checkbox" value="1" onClick="desabilitar_cert(this,<? echo $certamen;?> );">
Espero que te funcione. Saludos,