Hola wesse:
Ese tema se trató mucho en estos foros, y creo que la única posibilidad es la "redimensión". Seguro que si haces una búsqueda en javascript vas a encontrar cosas muy interesantes.
Si las dimensiones las conoces, puedes asignarla directamente en la apertura del popup "width=xxx,height=yyy", de otra manera me parece que no se puede. En la FAQ100 de javascript se detallan las opciones de los popus.
Saludos
