Tengo un LTS (Linux Terminal Server), usando la distro K12LTSP (
http://www.k12ltsp.org/contents.html), que es una Red Hat 9 modificada.
El servidor es un Athlon XP 1700+ con 512 de RAM. Los terminales van desde un 486 hasta un Pentium 200. La mayoría usan tarjetas de red con slot ISA (me costó encontrar ese tipo de tarjetas, tuve que buscar hardware usado). El desempeño es bueno y el 486 se comporta bastante bien.
En conclusión: si quieres entorno gráfico, creo que deberías intentar implementar un LTS. Así le sacarías real provecho a ese 486. Y te recomiendo K12LTSP para que te sea más facil.