Ya que los Frames no se pueden centrar como marcos dentro de un HTML
Lo que si te digo es que podrias hacer un index de introducción donde creas un boton unico de entrada que apunte a una ventana flotante hecha en java donde esten tus Frames. Así a dicha ventana le daras un unico tamaño y éste no se desconfigura por ningún lado cuando cambies de resolución de pantalla.
Espero haberte ayudado algo...
