A ver si entendi.
Quieres hacer
captura=nota ----esta es la asignación que no puedo hacer!!!
de modo de hacer:
<a href="inicio2.php?enviacaptura=captura">link</a>
Eso no lo puedes hacer en la misma pagina. Es decir, no puedes pasarle al PHP el valor de una variable obtenida en JavaScript.
Lo que puedes hacer seria
<script>
function Pasar() {
document.location.href='inicio2.php?enviacaptura=' +document.form.nota.value;
}
</script>
y mas abajo
<a href="javascript
:Pasar();">link</a>
Eso es?