Sí se puede incluir código HTML, por ejemplo:
archivo.js:
function imagen()
{
document.writeln("<img src='../imagenes/imagen.gif' height='25' width='400' border='0'>");
}
y luego en la página HTML:
<script language="JavaScript">imagen()</script>
Debes tener cuidado con las rutas y poner el enlace al archivo .js
Para poner más líneas o código HTML debes poner más líneas del tipo (ojo con las comillas y sin espacios y el punto y coma después de cada línea):
document.writeln("<table>");
document.writeln("<tr>");
document.writeln("<td>");
document.writeln("</td>");
document.writeln("</tr>");
document.writeln("</table>");
Un saludo.