Pues mete el código que usas para ejecutar tu rutina de contador de usuarios en linea en TODAS las páginas que tiene tu sitio .. sólo preocupate de que guarde los datos en el mismo sitio (no sé si usa BD o archivos de texto plano .. en tal caso indica la ruta absoluta de ese archivo para que "recoga" usuarios activos de todas tus páginas y las almacene en ese único archivo .. Lo mismo tendrás que indicar para ver los usuarios activos en todas tus páginas (leer de ese sitio común).
Depende de lo que haga tu script .. puedes incluirlo simplemente bajo algún include <? ... include() ...?> (lo cual implica que tus pàginas sean ahora .php) o llamado via HTML tipo: <img src="tu_script.php">
Un saludo,