Hola
El phpnuke es como una web prefabricada, es por si no quieres liarte con diseños o programación, sino que sólo te interesa meter contenidos y actualizarlos de forma fácil. Puedes conocer como es un phpnuke por ejemplo aqui:
http://phpnuke-es.net/
En cuanto al CGI, sirve para ejecutar algunas aplicaciones, por ejemplo foros (los Yabb creo que son CGI), aplicaciones para enviar correos, etc., no soy experto.
Y para el Webmail, eso será para poder consultar el correo a través de Webmail, o sea que tu proveedor te da una página a donde ir para consultar el correo. Si das cuentas de correo a tus usuarios (supongo que lo tendrás que hacer desde un panel de control, no desde el webmail), deberás darles la URL del webmail para que puedan ir a consultarlas.
Saludos