hola:
deben hacer lo siguiente:
en el tag body escriban:
onload="window.open('tupagina.htm','nombre_de_la_v entana','width=400, height=250, left=100, top=70')"
left y top es ladistancia que estara con relacion a los bordes de la pantalla, este codigo debera ir en la ventana desde donde se abrira la pop up.
y para cerrar la ventana escriban:
<a href="Javascript
:window.close()">Cerrar Ventana</a>
pero ojo esto debe escribirse en la pagina que estara como
pop up.
espero haber respondido su duda.