Bueno en realidad esto es muy relativo... No existe la una unica forma de hacer sitios.. esto depende del gusto del Desarrollador...
Por ejemplo ami me gusta hacerlo por medio de AttachMovie... hago todos los elementos en MC que voy llamando o quitando dependiendo de lo que necesito... Asi me Gusta y para mi es la Mejor forma de hacerlo..
Habra quien lo haga mediante escenas..... que no me gusta
Habra quien lo haga por SWF independiente... que tampoco me gusta.. A mi como usuario no me gusta estar esperando que se cargue cada seccion.....
Pero ya esta Dicho es cuestion de Gustos.
Saludos!!