En efecto se crea un archivo de datos, que lleva la extensión avi y quizá sea eso lo que lleva a confusión. Pero si quieres hacer 2 pasadas, con el codec DivX sólo debes asegurarte que en la primera pasada y en la segunda los archivos comunes sean estos:
divx.log
mvinfo.bin
Encontrarás la opción al configurar el codec. De todas formas si tienes dudas, mira cómo se configura el codec tanto para la primera como para la segunda pasada:
http://www.mundodivx.com/gknot/gknot.php?page=7