Comercialmente hay una buena variedad de antivirus que funcionan par alinux.
http://www.centralcommand.com/linux_products.html http://www.f-prot.com/ http://www.kaspersky.com/index.html http://www.pandasoftware.com/com/linux/linux.asp http://www.ravantivirus.com/pages/download.php
El detalle seria saber como para que lo quieres, en lo personal yo lo uso para prevenir la llegada de virus mediante el correo y para los casos de redes con linux y samba.
Hay uno muy bueno que fue pensado originalmente para ser usado como scan en servidores de correo, pero puede ser usado para otros propositos.
http://clamav.elektrapro.com/
Algunas de sus caracteristicas.
Cita: # Licensed under the GNU General Public License, Version 2
# POSIX compliant, portable
# Very fast scanning
# On-access scanning (Linux only)
# Detects over 10000 viruses, worms and trojans
# Supports archives and compressed files
# Built-in support for RAR (2.0), Zip, Gzip, Bzip2
# Built-in protection against archive bombs
# Built-in support for Mbox, Maildir and raw mail files
# Includes a database updater with support for digital signatures
Hasta el mometo me ha funcionado bien.