Gracias Josemi por la ayuda que me has dado, la pagina que me has dado la leere con mas cuidado despues, ahora he resulto el problema de la siguiente manera:
<td><a href="../../src/php/cmdDeletePromotion.php?intPromotionId=<? echo $intPromotionId; ?>" onclick = "return confirmDrop(this,'Eliminar este Registro')" class="style3">Eliminar</a>
Aparté el codigo html del codigo php, y la variable que necesitaba mandar a la otra pagina la encerre entre los tags de php y apartir de eso me funciono el script como queria......
Si hay alguna sugerencia sobre lo que hice se los agradeceria de que me la dijieran.....
Y de nuevo muchas gracias a todos por la ayuda que me han dado.... :)