Hola,
Es que es asi como funciona. Cuando copias un fichero, lo que haces es crear uno nuevo, con todos los datos de fechas actualizados. La creacion supone una modificacion (ahora no recuerdo exactamente que devuelve).
Si quieres mantener la fecha de modificacion del original, prueba la funcion touch() (
www.php.net/touch). Creo que un parametro sirve para asignar la fecha de modificacion.
Saludos.