Vamos a ver, si quieres pegar los subtitulos y dejarselos definitivos al video, por narices tienes que hacer una recompresión. La herramienta con que la hagas da igual, siempre hay que recomprimir.
Otra cosa es dejar el subtitulo como archivo aparte, ahí hay diversas técnicas que funcionan (vobsub, ffdshow, etc.) para que salga el subtitulo sin tener que seleccionarlo, pero realmente el subtitulo no está pegado al video.
También por ejemplo se puede pasar de AVI a VCD subtitulado directamente, lo cual es una única recompresión frente a pasar primero de AVI a AVI subtitulado y luego de AVI subtitulado a VCD subtitulado, que son 2 recompresiones y pierdes más calidad.
Depende de lo que quieras hacer la técnica es una u otra... si especificas algo concreto es más fácil entenderse
P.D.: respecto al virtualdub, yo uso la última versión de virtualdubmod que admite todo. Y para usar los subtitulos no necesitas un virtualdub o virtualdubmod específico, sino un filtro que añades a este programa, y hay varios filtros (vobsub, textsub, subtitler...)