Pues trabajatelos: elimina todas aquellas lineas que no te interesen
Es la única opción, a menos que el subtitulo solo traiga las lineas que tu quieres y así no tengas que quitarlas.
De todas formas si quieres un subtitulo específico quizá te sea más rápido el buscarlo, por ejemplo los de Las Dos Torres para cuando hablan en élfico, pues esos los tienes en muchos sitios.