Creo que me enredé un poco... mejor lo digo con código: He utilizado todo el código que posteaste antes. Sólo le modifiqué un par de líneas.
Creo que podrías hacer algo así:
Código PHP:
<?php
$txt=fopen("web.txt","r+");
while (!feof($txt))
{
$txt2=fgets($txt, 4096);
$dato = "$txt2";
$t1 = explode (",", $dato);
$t2 = explode ("/", $t1[1]);
$ntxt=$t1[0].", ".$t2[2]."/".$t2[1]."/".$t2[0].", ".$t1[2]."\n"; // Juntamos el nuevo orden a imprimir
//Acá lo mandas directamente a la bd.
$sql="INSERT INTO tu_tabla (ID,fecha,cantidad) VALUES ('$t1[0]' , '$ntxt' , 't1[2]')";
mysql_query($sql) or die(mysql_error());
echo "$ntxt <br>\n"; // Imprime el reporte
}
fclose ($txt);
?>
Así ya no creas ese segundo .txt y si necesitas algún reporte, pues consultas a la base de datos.
Saludos