Hola jgaete:
Verás, javascript funciona en el ordenador local, y php en el servidor, así que la única manera de conseguir pasar variables javascript a php (al menos que yo sepa) es por medio de formularios, llamando a la propia página (creo que es con $PHP_SELF o la dirección en el action de un formulario y haciendo submit...
El típico caso del libro de visitas sin bases de datos (así los tengo yo por ahora)
Saludos