Hola, en cuanto a proteger el código se supone que si tu eres el administrador puedes tienes tu server de produccion y nadie puede tocarlo o si..?? y con ello obviamente proteger tus directorio y archivos, pero si esa no es tu situacion checa éste link haber que te parece..??
http://builder.com.com/5100-6373-1052981-2.html
Por mi parte no he hecho algo por el estilo ya que mis proyectos los tengo en el server de produccion que solo mi jefe y yo como administrador podemos tener acceso y modificarlos.
Pero de todas formas si se de algo te aviso ok..??
Saludos y suerte. . .
