Hola,
Depende de como hayas construido la tabla: Si la has construido "a pelo" (sin utilizar un TableModel) entonces utiliza el metodo que te da el API para ello. Si has utilizado un TableModle, simplemente borra el equivalente en tu modelo y lanza un evento para que se repinte la tabla.
Te recomendaria echarle un ojo al API de JTable and co. y otro a algun tutorial de como usar APIs, por ejemplo,
http://java.sun.com/docs/books/tutor...ts/table.html.
Suerte