Bueno .. Perl para windows lo tienes con ActivePerl y Perl para Linux lo tienes en casi todas las distribuciones de Linux.
Sólo te hará falta "decirle" a tu Apache (sea Linux o Windows .. es parte de la instalación) donde tienes tu Perl (ejecutables .. librerias .. etc) y que asocie las peticiones de algo .pl o .cgi (por poner algunos ejemplos) al interprete de Perl ..
Aquí tienes información en general sobre Perl (incluido links hacia los ejecutables y tutoriales vários)
http://www.perl.org/
Un saludo,